通常酸奶在适中的温度下加热不会明显破坏营养，可以将酸奶的包装袋或瓶子放入40-50℃的温水中，使其缓慢加热升温。酸奶中的乳酸菌对温度要求较为严格，而其中含有的蛋白质、氨基酸、脂肪、糖等成分在较高的温度下一般也不会丧失营养。
酸奶中含有多种乳酸菌，大部分为中温性菌，适宜温度在40℃左右，仅少部分可耐受60℃，因此加热时需注意不要使温度过高。同时，缓慢升温比起温度骤升更容易使菌群适应，保证乳酸菌活性，不喜凉食者可以通过此方法加热。
酸奶经过乳酸菌发酵后，乳糖分解形成乳酸，游离氨基酸和肽增加，脂肪不同程度水解，营养价值较发酵前有所升高，且更容易消化吸收。酸奶中的活性菌在肠道内可抑制腐败菌的生长繁殖，防止腐败胺类产生，适量饮用有益于胃肠道健康。